linuxserver/foldingathome

[!TIP]

前半部分是翻译官方的文档,最后一部分是我的简单试用(个别软件会深度试用),如果对Docker已经有一定的了解了,可以直接跳转到最后面 翻译之外 这部分来查看。

Folding@home → https://foldingathome.org/

GitHub → https://github.com/linuxserver/docker-foldingathome

Docker Hub → https://hub.docker.com/r/linuxserver/foldingathome

Folding@home 是一个分布式计算项目,用于模拟蛋白质动力学,包括蛋白质折叠的过程以及与多种疾病有关的蛋白质的运动。它汇集了公民科学家,他们自愿在他们的个人计算机上运行蛋白质动力学的模拟。这些数据的洞察力正在帮助科学家更好地了解生物学,并为开发治疗方法提供了新的机会。

支持的系统架构

得益于docker的跨平台属性,我们的镜像也支持多架构(如,x86-64、arm64、armhf)。

直接拉取 ghcr.io/linuxserver/foldingathome 应该就可以自动获取适合你系统架构的版本,当然你也可以通过 tag 获取特定的版本。

架构

Tag

x86-64

latest

拉取镜像

docker pull ghcr.io/linuxserver/foldingathome

使用方法

以下是一些简单的示例。

docker-compose

兼容docker-compose v2

---
version: "2.1"
services:
  foldingathome:
    image: ghcr.io/linuxserver/foldingathome
    container_name: foldingathome
    environment:
      - PUID=1000
      - PGID=1000
      - TZ=Europe/London
    volumes:
      - /path/to/data:/config
    ports:
      - 7396:7396
      - 36330:36330 #optional
    restart: unless-stopped

docker cli

docker run -d \
  --name=foldingathome \
  -e PUID=1000 \
  -e PGID=1000 \
  -e TZ=Europe/London \
  -p 7396:7396 \
  -p 36330:36330 `#optional` \
  -v /path/to/data:/config \
  --restart unless-stopped \
  ghcr.io/linuxserver/foldingathome

参数

Docker镜像在使用的时候需要配置一些参数,这些参数使用 : 分隔,分别表示 宿主机:容器内。例如 -p 8080:80 指的是将容器内的80端口映射到宿主机上的8080端口,即通过宿主机网络访问的话,访问8080端口即是访问容器内的80端口。

端口(-p

port

说明

7369

Web界面

36330

(可选)通过 FAHControl 进行远程连接的端口(无密码)

环境变量(-e

env

说明

PUID=1000

用户的 UID,详见下面的说明

PGID=1000

用户的 GID,详见下面的说明

TZ=Europe/London

设置时区,在国内的话可以使用 Asia/Shanghai

卷映射(-v

volume

说明

/config

配置文件所在路径

从文件加载环境变量

可以使用前缀名为 FILE__ 的文件来加载环境变量。

例:

-e FILE__PASSWORD=/run/secrets/mysecretpassword

将把 /run/secrets/mysecretpassword 文件中的内容作为 PASSWORD 变量的值。

运行程序的umask(文件掩码)

我们所有的镜像都可以使用 -e UMASK=022 来设置覆盖容器内服务的umask。关于Linux umask可以通过这里了解,或自行百度学习。

UID和GID

当使用 -v 映射卷的时候,宿主机和容器内会出现关于权限的问题,我们的镜像可以通过指定 PUIDGUID 来避免此类问题。

可以使用你目前正在使用的用户的UID和GID进行设置,这样就不会存在权限问题。

可以通过如下的方式查看当前用户的UID和GID:

  $ id $user
    uid=1000(dockeruser) gid=1000(dockergroup) groups=1000(dockergroup)

[!NOTE]

如果没特殊需求,可以将后续所有容器的id都设置为当前非root用户的id,这样会省去解决很多关于文件权限的问题(可以查看 什么是PUID和PGID 这篇文章了解更多)。当然,如果有特殊需要可以给不同的容器设置不同的id,即分配给不同的用户。使用 useradd 命令即可添加用户。通常来说,除root账户外,第一个建立的用户的UID和GID都是1000,然后递增生成。

安装说明

镜像将启动 Folding@home 客户端,访问 http://ip:7396 进入界面

内建的web服务器只能进行非常基础的控制(如,GPU只在设置为 Medium 以上时才可用)。如果要进行更多控制,需要在其他设备上用 FAHControl 通过 36330 端口连接(无密码)

web界面有以下几个问题:

  • 如果尝试通过IP访问时收到“ ERR_EMPTY_RESPONSE”错误,则最有可能是由于Cookie /缓存冲突。尝试在放大窗口中打开。

  • 如果您不断刷新窗口但没有显示任何信息,请尝试通过shft-F5或ctrl-F5强制刷新。

GPU硬件加速

Nvidia

Nvidia的硬件加速用户将需要在其主机上安装Nvidia提供的容器运行时,有关说明,请参见:https://github.com/NVIDIA/nvidia-docker

我们自动添加必要的环境变量,该变量将利用所有主机上GPU上可用的功能。在主机上安装nvidia-docker之后,您将需要使用nvidia容器运行时--runtime = nvidia重新/创建docker容器,并添加环境变量-e NVIDIA_VISIBLE_DEVICES = all(也可以设置为特定GPU的UUID,这可以通过运行nvidia-smi --query-gpu = gpu_name,gpu_uuid --format = csv来获取。 NVIDIA会自动将主机中的GPU和驱动程序安装到foldingathome docker容器中。

支持

  • 进入容器:

    • docker exec -it foldingathome /bin/bash

  • 查看容器日志:

    • docker logs -f foldingathome

  • 查看容器版本号:

    • docker inspect -f '{% raw %}{{% endraw %}{ index .Config.Labels "build_version" }}' foldingathome

  • 查看镜像版本号:

    • docker inspect -f '{% raw %}{{% endraw %}{ index .Config.Labels "build_version" }}' ghcr.io/linuxserver/foldingathome

翻译之外

又是一个科研项目,为科研贡献出自己的一份力吧!

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